为配合澳门特区政府促进电子支付的发展策略，便利市民缴交政府服务费用，自2023年12月1日起，位于港珠澳口岸环形马路海关入境货仓旁边的海关车辆边境通行证办事处将启用线下电子支付，市民亲临办理通行证的首次申请及补办服务时，可透过电子支付方式缴交相关费用。

线下电子支付启用后，市民可透过BOC Pay、微信支付、支付宝、MPay澳门钱包、工银e支付、丰付宝、UePay电子货币包、广发移动支付、国际付、BNU APP、银联信用卡、Visa信用卡、Master信用卡或实体澳门通卡缴交车辆边境通行证的首次申请及补办费用。同时，原有的现金缴费方式亦会保留，以满足市民的支付需求。

另一方面，海关自2019年起已推出网上办理车辆边境通行证服务，市民可透过澳门海关官方手机应用程序、官方网页或微信官方账号使用网上服务，并透过在线方式进行缴费，更为省时便捷。