為配合澳門特區政府促進電子支付的發展策略，便利市民繳交政府服務費用，自2023年12月1日起，位於港珠澳口岸環形馬路海關入境貨倉旁邊的海關車輛邊境通行證辦事處將啟用線下電子支付，市民親臨辦理通行證的首次申請及補辦服務時，可透過電子支付方式繳交相關費用。

線下電子支付啟用後，市民可透過BOC Pay、微信支付、支付寶、MPay澳門錢包、工銀e支付、豐付寶、UePay電子錢包、廣發移動支付、國際付、BNU APP、銀聯信用卡、Visa信用卡、Master信用卡或實體澳門通卡繳交車輛邊境通行證的首次申請及補辦費用。同時，原有的現金繳費方式亦會保留，以滿足市民的支付需求。

另一方面，海關自2019年起已推出網上辦理車輛邊境通行證服務，市民可透過澳門海關官方手機應用程式、官方網頁或微信官方帳號使用網上服務，並透過線上方式進行繳費，更為省時便捷。